W Powiatowej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Koninie prowadzone są następujące rejestry i ewidencje:

1. Rejestr skarg i wniosków.
2. Rejestr zarządzeń wewnętrznych Dyrektora PSSE.
3. Rejestry wydanych decyzji, postanowień i tytułów wykonawczych
4. Rejestry wydawanych upoważnień.
5. Powiatowy Rejestr Niepożądanych Odczynów Poszczepiennych.
6. Rejestry Zachorowań na choroby zakaźne podlegające zgłoszeniu oraz dodatnich wyników badań laboratoryjnych dla miasta Konina i powiatu koninskiego
7. Rejestr nosicieli antygenu Hbs.
8. Rejestr nosicieli wirusa HCV.
9. Rejestr osób pokąsanych.
10. Rejestr nosicieli chorób zakaźnych.
11. Rejestr chorych zakaźnie i ich otoczenia.
12. Rejestr nosicieli pałeczek Salmonella i Shigella.
13. Rejestr osób uchylających się od szczepień.
14. Rejestry chorób zawodowych.
15. Rejestr podmiotów wprowadzających do obrotu oraz stosujących substancje podlegające ograniczeniu.
16. Rejestr zakładów podlegających urzędowej kontroli organów Państwowej Inspekcji Sanitarnej.
17. Wykaz nadzorowanych jednostek organizacyjnych.
18. Rejestr zezwoleń na ekshumację.
19. Rejestr kontrahentów PSSE
20. Rejestr zleceń na badania
21. Rejestr protokołów przekazania prób do badań nadzorowych
22. Rejestr przyjęcia próbek

Powiatowa Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Koninie posiada archiwum zakładowe.
Dokumentacja wytworzona w Powiatowej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Koninie podlega archiwizacji zgodnie z Instrukcją w sprawie organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych i składnic akt. Korzystanie z zasobów archiwalnych reguluje w/w Instrukcja.