W Powiatowej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Koninie prowadzone są następujące rejestry i ewidencje:
- Rejestr skarg i wniosków.
- Rejestr zarządzeń wewnętrznych Dyrektora PSSE.
- Rejestry wydanych decyzji, postanowień i tytułów wykonawczych
- Rejestry wydawanych upoważnień.
- Powiatowy Rejestr Niepożądanych Odczynów Poszczepiennych.
- Rejestry Zachorowań na choroby zakaźne podlegające zgłoszeniu oraz dodatnich wyników badań laboratoryjnych dla miasta Konina i powiatu koninskiego
- Rejestr nosicieli antygenu Hbs.
- Rejestr nosicieli wirusa HCV.
- Rejestr osób pokąsanych.
- Rejestr nosicieli chorób zakaźnych.
- Rejestr chorych zakaźnie i ich otoczenia.
- Rejestr nosicieli pałeczek Salmonella i Shigella.
- Rejestr osób uchylających się od szczepień.
- Rejestry chorób zawodowych.
- Rejestr podmiotów wprowadzających do obrotu oraz stosujących substancje podlegające ograniczeniu.
- Rejestr zakładów podlegających urzędowej kontroli organów Państwowej Inspekcji Sanitarnej.
- Wykaz nadzorowanych jednostek organizacyjnych.
- Rejestr zezwoleń na ekshumację.
- Rejestr kontrahentów PSSE
- Rejestr zleceń na badania
- Rejestr protokołów przekazania prób do badań nadzorowych
- Rejestr przyjęcia próbek
Powiatowa Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Koninie posiada archiwum zakładowe.
Dokumentacja wytworzona w Powiatowej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Koninie podlega archiwizacji zgodnie z Instrukcją w sprawie organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych i składnic akt. Korzystanie z zasobów archiwalnych reguluje w/w Instrukcja.